Az eredetileg Johann Hunsdorfer néven anyakönyvezett Hunfalvy János egy szepességi szász, úgynevezett cipszer családban született. Középiskoláit Késmárkon, Miskolcon és Eperjesen, egyetemi tanulmányait Berlinben és Tübingenben végezte. 1945-től cikkeket írt a Pesti Hírlapba, majd 1846-ban a késmárki evangélikus líceum történelem szakos tanára lett.
A’ „földleírás elemei“ Hunfalvy Jánosúr által dolgoztattak ki, és második fűzet tartalmát képezendik.
– számol be a Hetilap, 1845. június 10-én megjelent lapszáma az első könyvecskéjéről.
A folyó év júl. 12-kén tartott iskolai nagygyűlésben e szerint az említett tanszékre nagy szótöbbséggel Hunfalvy Jánosurat, a’ lelkes Pál öcsét, megválasztottuk.
– írta meg a Protestáns Egyházi és Iskolai Lap 1946. augusztus 2-án bölcsészeti kinevezésüket. Hunfalvy János testvéröcse, Hunfalvy Pál, (1810-1891) jogász, etnológus, nyelvész, aki a magyar a finnugor nyelvrokonság egyik úttörő kutatója volt. Mindketten a Magyar Tudományos Akadémia tagjai voltak.
A szabadságharc alatt vallott nézetei miatt állásából elbocsátották, majd később bebörtönözték. A fogságból kiszabadulva Pestre költözött, s mint nevelő és író kereste kenyerét, ő szerkesztette a Család Lapja című lapot; majd 1866-tól a királyi József műegyetem geológiai tanára lett; 1870-től pedig a Pesti Egyetemen alapított Földrajz-tanszékre nevezték ki rendes tanárnak.
Családjával a Hunfalvy utca-Ilona lépcső sarkánál található eklektikus stílusú Hunfalvy-villában élt. Később Csók István festőművész élt a villában, de a legenda szerint Szerb Antal: Utas és holdvilág című regénye is itt kezdődik, a titokzatos Ulpius-házban. Itt jegyezzük meg, hogy ellentétben számtalan leírással, sem nem a Kagyló utca-Hunfalvy utca sarkán, sem nem a Szabó Ilonka utca-Hunfalvy utca sarkán, hanem Hunfalvy utca és az Ilona lépcső sarkán található az épület.
Tőle 1921-ben Graham Hugó vette meg a villát egymillió koronáért. Aztán a korona értéke egyre romlott, s 1925-ben Korndorffer Hubert már 578 millióért jutott a házhoz. A leghosszabb ideig az 1927-ben ide költözött dr. Seiberth Sándor fegyvergyáros és főrészvényes lakott itt. (Ő 48 ezer pengőért vásárolta a villát.) A gyáros 1945-ben családjával Amerikába távozott. Az épületet 1948-ban az Elhagyott Javak Kormánybizottsága vette át, majd 1951-ben a magyar állam.
– írta meg Hollós László Képzeletünk Ulpius-háza című cikkében 1984 óktoberében a Budapest foölyóirat hasábjain.
Az épületet egyébként a 70-es években hozzá nem értő hivatalnokok lebontásra ítélték, de két lelkes IKV-s szakember, Tolnay Lajos és Gyepes Dezső megmentették a csodaszép épületet.
Hunfalvy nem szobatudós volt, rengeteget utazott, többek között járt Európa számos országában, Itáliában, Angliában, Németalföldön, Franciaországban, Oroszországban. Számos könyve született ez idő alatt. Alapítóelnöke volt a Magyar Földrajzi Társaságnak és számos magyar, illetve külföldi tudós társaságnak. Keleti Károllyal (1833.1892), a Központi Statisztikai Hivatal alapítóigazgatójával közösen szerkesztették az MTA nemzetgazdasági és statisztikai közleményét. A Tátrában található a róla elnevezett Hunfalvy-hágó, a Hunfalvy-völgy, valamint a Tátra legmagasabban fekvő menedékháza is az ő nevét viseli.
1888-ban halt meg, a Németvölgyi temetőben helyezték végső nyugalomra, de végül hamvait – a temető felszámolásakor – a Kerepesi úti temetőbe helyezték át.
